Profesor Nowakowski jest absolwentem Wydziału Budowy Maszyn Politechniki Łódzkiej Filii w Bielsku-Białej, kierunek Mechanika i Budowa Maszyn w specjalności Samochody i Ciągniki. Studia ukończył w roku 1986, a pracę w Instytucie Technologiczno-Samochodowym podjął na studiach w roku 1984.

Jest wychowankiem profesorów: Jana Wajanda i Macieja Sobieszczańskiego. W roku 1998 uzyskał stopień doktora nauk technicznych w dyscyplinie Budowa i Eksploatacja Maszyn, Silniki spalinowe. W roku 2007 uzyskał stopień doktora habilitowanego w dyscyplinie Budowa i Eksploatacja Maszyn, Silniki spalinowe, Transport.

Pełnił m.in. funkcje: Prodziekana ds. studentów Wydziału Budowy Maszyn i Informatyki Akademii Techniczno-Humanistycznej w latach 2005-2008, Pełnomocnika Rektora ds. Jakości Kształcenia w latach 2008-2016, Dziekana Wydziału Budowy Maszyn i Informatyki ATH (2020-2024) oraz Rektora bielskiej uczelni w latach 2020-2024.

Naukowo prof. Jacek Nowakowski zajmuje się zasilaniem i sterowaniem silników spalinowych, modelowaniem procesu roboczego silników spalinowych, eksploatacją układów napędowych pojazdów samochodowych. Wyniki swoich prac dotyczących doładowania silników prezentował m.in. na Konferencji SAE w Detroit w USA.

Był kierownikiem dwóch projektów naukowo-badawczych finansowanych przez Ministerstwo Nauki i Szkolnictwa Wyższego, a także wykonawcą w dziewięciu projektach naukowo-badawczych, w tym międzyuczelnianych.

Prywatnie Rektor-Elekt interesuje się lotnictwem, historią, malarstwem, chętnie jeździ również na nartach.